あと。
主人公消滅後に三人称にするのではなく、神格者の一人称に引き継いで「～は知らなかったが、すべて私の意志に従って行動していたのだ」的に進めることはできないのでしょうか？

また、一人称というのは基本的にウソは書けない手法なので、主人公が自分と神格の関係をどこまで認識している設定なのかに注意して、それに矛盾しない書き方にする必要はあります。
ですからいっそ最初から全部三人称にしてしまうのもありでしょうが、詳しい設定がわからないのでどれが最適解かは判断できません。