返信ありがとうございます。

>スレ主様が考えていらっしゃる「神格」なるものはそういうのとは違うのでしょうか？　神の意識と人間としての主人公の意識は全く違うというか、別次元の存在として描写したい感じですか？

>２）「神」であることを知ってはいるが、自分が神そのものであるという自覚は持っていない感じなのか？　（自分はいつか消滅して神が顕現することを知ってはいるが、神そのものの知識や思考を共有はしていない感じ）

状況的には提示された2に近いですね。
主人公と神様は性格や目的すら全く異なり、もっと言えば自分の正体に関する事さえ終盤になって把握する事になります。

主人公は普通にヒロインを取り巻く状況が好転して欲しいと考えている一方、神格はヒロインを良いように利用(その結果彼女が落命するもお構い無し、なんなら楽しんでさえいる)してやろうという算段でいます。
なかなか拗れた状況ですが、ペルソナでありながら本体とは敵対している(しかし主人公がそれに気づいて取る行動も含め神側は全て計算づく)という事です。