＞主人公と神様は性格や目的すら全く異なり、もっと言えば自分の正体に関する事さえ終盤になって把握する事になります。

ああ、そういうことなら一人称の記述に矛盾が生じる心配は少なそうですね。どちらかと言うと、主人公自身が自分の正体を探る物語になるかもしれません。それであれば一人称にするのは後半～終盤の意外性にもつながり、効果的かも。

で、主人公消滅後の処理ですが、主人公は完全に消滅してしまってそれで終わりですか？

物語的には、神が顕現して主人公が消滅してしまうとしても、何らかの形で人間としての主人公の意志や目指していたことが結末に影響を及ぼすようにしないと、つまらない気はします。

消滅後の視点や人称の処理は、それに配慮して決めるのが良いかと。

一案としては、ラストはヒロイン視点に切り替えて（生きているなら）、主人公は消滅してしまったはずだけれど、時空を超えたどこかに存在していて自分（ヒロイン）を見守ってくれているような気がする、みたいな、『まどマギ』のラストっぽい雰囲気にする手もあるかもしれません。

もちろん、これはあくまで一例。スレ主様が考えていらっしゃる設定やイメージに合わなければスルーしてください。
ストーリーの詳細によって、いろいろやり方はあると思うという話です。