なかなか難しい問題だなっと。
終始主人公視点、つまり神の存在となっても主人公であることに変わりないから、そのまま主人公を飲み込んだ神の視点で進めるってのも書き方次第で自然に見えるだろうし良いと思う。
最初から神の視点で主人公視点と思わせるミスリードも良いと思う。
あるいは主人公が消滅したら三人称にしてしまうというのも良いと思う。
けど、この話は何の話かと考えたとき、「主人公の話」であるなら主人公が消滅した時点で話は終わってしまうから、その後の神が出てくる話は後日談になっちゃうと思うのよね。
後日談にしないためには視点を変えないほうが良いから、主人公視点で強行するか神の視点で奇策に出るかってのが妥当だとは思う。

でも、もし「主人公の話」ではなく例えば「世界滅亡を回避する話」を主人公視点で語ってる物語だと考えるならば、視点はもっと自由に扱えると思う。
序盤は主人公視点で中盤以降は主人公主体でありながらヒロインやライバルなど多角的な視点から「世界滅亡ないし神について」を語り、終盤では主人公の視点が無くなり残された者たちの視点のみになる、とか。
ただ、「主人公の一人称で書いていく予定」とあるので主人公に固定すると考えると、「主人公の話」ではないとした場合、「主人公の想いを託せる人物を終盤までに育てられるか」ってのが一つの問題になるんではないかと思う。
その人物の一人称にシフトするもよし、その人物にフォーカスした三人称にするもよし、あるいは神の視点でその人物に倒される（？）までを書くもよし。
ただ視点を変えるだけ・そのまま書くだけでは、言っちゃなんだけど芸がないんではないかな。
別に自分の妄想を押し付けるつもりはないけど、私の例の場合、これは視点が変わったというのは「その視点主に主人公の想いは託された」って表現だから、そういう表現したいものを考えて視点を利用したほうが良いと思う。
特にミスリードのギミックは、そういう表現があっての演出でないと最初から神の視点だったと気が付いたところで「あーそういうことね、はいはい」程度にしかならないのではないかな。ギミック系は思いついた作者のテンションと理解した読者のテンションに結構差があるから。
うーん……これ最後に主人公が神から分離して戻ってくるのかどうかでも判断は変わると思うし、そのストーリーのクライマックスやラストをよく考えて、そこが栄える選択をすべきで、一般回答はあんま合わないんじゃないかな。

自分なら、想いを託す人物を用意しての三人称に見せかけた神の視点にするかな。ほんでラスト最後の一行に「主人公の口癖」をぽんと置けば読者は気がつくだろうし。