最終的に仲良くなるんなら、そりゃ喧嘩するほど仲が良いのレベルじゃないのかな。
仲が悪いこと自体は、馬が合わないとか意見が食い違うとか、そもそも二人以上のキャラクターが衝突する要素であって、普通に良い手。
衝突が作れればキャラが立ちやすいからね。

そういう衝突があるコンビなんかを題材にする場合は、例えば刑事ドラマとかでは定年間近の熟練刑事と新人フレッシュな若手刑事とで捜査の方向性や意見が食い違って衝突が起こったりするのが王道だけど、これは衝突することで「熟練刑事一人では不可能だった」「若手刑事だけでは無理だった」という状況や展開があってはじめて活きてくるので、
つまりは、ヒロイン二人が仲悪いことに意味はあるのか、という所が問題で、それを設定や雰囲気だけでなくちゃんと物語に活かせているのであれば、心配することは無いと思う。
活かしきれてないなら、選評で「仲悪いと良い部分が見えにくい」みたいな反応があるかもしれない。
活かせてるならむしろ「それが良い」になるから、気になる部分こそしっかり面白く書けてるか（そこが面白いと言えるように演出できてるか）って事じゃないかな。