反射的に「それってリコリコじゃないの？」と思ってしまいました。
まあ、御作がどういう世界観なのかわかりませんが。

前半で衝突しがちだった主要キャラ２人がストーリーを通じてしだいに理解しあうようになるという展開は、むしろ王道です。どうして心配されているのか逆に不思議なくらいですが、

＞・AとBは銃を向け合うこともある
＞・BはAに対してひどく毒舌(悪口も言う)

このあたりが殺伐としすぎじゃないかと感じていらっしゃるのかな？

そういうことなら今時こんなの殺伐のうちに入らないのでは。

＞そもそもの話、新人賞において「ヒロインたる登場人物同士の仲がひどく悪いのはよろしくない」という認識が無ければ良いだけなのですが

そんな認識は無いと個人的には思いますが、レーベルにもよるのかなあ？　そこまで追求して考えたことはありませんが、仲の悪さを緩和する手法として、

１）前半で仲が悪くても、後半修復する。あるいは無二の親友になる。

２）最後まで衝突はするが、ストーリーの要所要所で、実は内心では互いを認め合っていることが仄めかされる。

このどちらかの工夫を入れている作品が多いようには感じます。

この二つから逸脱していても絶対に許容されないとは言い切れませんが、さすがに違和感はもたれるかもしれませんね。
ヒロインと言っても片方が悪役ヒロインだったりすれば最後まで敵対するのもありですが、そういう場合でもどこかに２の要素を匂わせるのがよくあるパターンかとは思います。

リコリコの場合で言うと、Ｂに相当するヒロインが「クール系のツンデレ」なのは（視聴者には）一目でわかるキャラなので、二人がだんだん仲が良くなるのは容易に推測できちゃうんですよ。

注意しなければいけないのは１点のみ。

冒頭～前半で仲の悪いキャラが後半には修復するという変化の流れが、ストーリーや適切なエピソード、心理描写、キャラの背景などによって、読者が納得できるように描かれているかどうかです。それができていないと、

◎「ヒロインたる登場人物同士の仲がひどく悪いのはよろしくない」

からではなく、

◎「キャラがぶれている」

という理由で大減点される可能性はあると思います。