その物語はまず、ファンタジーなのかバトルものなのか、現代日本を舞台にしたラブコメなのか、ということがあります。もちろんこの三つ以外でもかまいません。
次に、その背景を舞台として主人公が最終的には何をする（何になる）話なのか？

そういったことを明確にすると、ある程度見えてくるのでは？

＞主人公もヒロインも、主人公とヒロインの仲を引き裂こうとしてくる脇役（敵役？）等もなんとなく決まったのですが、

今のところ提示していただいた情報はこれだけだけなので、これをメインの軸にしてストーリーを組み立てると恋愛ものにしかなりません。
しかし、主人公には他に大きな目的があって、恋愛展開はサブストーリーにすぎないということも考えられますよね？　仮にそうだったら、主人公とヒロインの仲を引き裂こうとするキャラのことだけ考えてもストーリーは当然進みません。主人公の本来の目的はどうなったの？　ということになってしまうので。

そのへんじゃないですか？