ありがとうございます。だいぶ分かりました。

その設定で最も特徴的なのは、主人公とヒロインの関係性だと思われます。二人の関係が恋愛に発展した場合、第三者から見たら百合ですよね。ヒロインからしたら男性恐怖症の自分からの逃避的な安心感があり、主人公の内心だけがノンケという。ほっといても波乱がありそうな関係です。

他の設定について考えると、ナイトは主人公たちの関係性にからみやすそうなのでよいと思います。
ところが、ブラッドによる異世界の危機と、主人公の能力がブラッドに似ているというあたりは上記のポイントとの関連が薄そうです。しかし異世界にとってはそちらの方が重大なことなので、物語としての方向性が乖離してしまっているのではないでしょうか？
そこが問題なのかなという気がします。

なので、打開策としては二人の関係性に引っ掛かりやすそうな設定を世界観に加えてみるのも一手かもしれません。
あくまで一例ですが、男性が女性を奴隷にしている国と、逆に女性が男性を奴隷にしている国があることにして、その二つの国に主人公とヒロインとナイトを放り込んだら、いろいろややこしいことが起こりそうな気がしませんか？
まあこれは主要キャラの性格付けと世界観をリンクさせるならというややあざとい試案で、あまりよいアイデアではないでしょうから別の案を考えた方が良いとは思いますが。

＞そのおかげで男性恐怖症のヒロインと一緒にいられるのですが、元男なのを打ち明けられずに葛藤したり、終盤はバレてしまう展開を書きたいと考えています。

バレてしまって二人の関係が破綻するのではなく、ちゃんとゴールインさせるのなら、物語を通してヒロインが精神的に成長するとか、けっこう工夫が必要だと思うんですね。そういうことを具体的にどうするか考えるだけで、自然にストーリーはできてくると思うのですが。