連投になってしまってすみません。設定そのものはけっこう有望かもしれないと感じています。そのためこちらも想像力を刺激され、いろいろ意見を書いてみたくなったのですが、スレ主様からしたらかえってノイズになってしまうかもしれないので、その場合は遠慮無くスルーしてください。

＞全部詰め込んだせいでゴチャゴチャしている気がします。

あっさり言ってしまえば、そういう状態なのかなと思います。捨てる勇気も必要ですよね。

ただ、主人公の能力がブラッドと同じという設定も、それ自体は面白いと思うんですよ。主人公が異世界の人々から誤解されてピンチに陥るという展開が予想されるし、異世界の成り立ち、ブラッドの謎、召喚の謎がラストで明かされるのではないかという期待感をつくれそうです。

主人公の性をめぐる設定を設定Ａ、ブラッドをめぐる設定を設定Ｂとします。

想像するところ現状の問題点は、Ａ・Ｂのどちらも秀逸なのですが、トーンが違うために一つの物語としてさばきにくいということじゃないかと。

考えられる対策は、

１）Ａを主軸として、Ｂの要素をスパイス程度にする。

２）Ｂを主軸として、Ａの要素をスパイス程度にする。

３）Ａ・Ｂがリンクする設定を追加する。

４）Ａ・Ｂのどちらかを完全に捨てる。

私が自作で考えるとしてら、たぶんこの４択になります。

おそらく最もよくないのは、Ａ・Ｂの比重が等価で、リンクする要素が薄いという状態かなと。それだとたぶんストーリーがバラバラになります。

そこで、まずは自分が一番書きたいのは何か再確認することかと。

＞特に書きたいところは、主人公・ヒロイン・ナイトの三角関係、主人公が徐々に力を使いこなしていく過程、主人公の曇らせ等です。

この三つはもちろん同居できるでしょうが、ストーリーがまとまらないなら優先順位をつけてみるとよいかもしれません。
仮に主人公・ヒロイン・ナイトの三角関係が第一なら、上記の１～４の選択は（４は極端なので一応除外するとして）１が最適かと考えられます。

ただ、オーソドックスなのは２かなと思いました。

主人公・ヒロイン・ナイトの三角関係はガチで取り組むと今ならLGBTの問題に関わりかねず、それはそれで面白そうではありますがエンタメとしては重いかも。
そもそも話を面白くする演出という観点から考えたら、設定Ｂの方が王道的で、設定Ａは奇手のきらいがあります。なので、エンタメ指向のストーリーならＡの方がスパイスとして扱いやすいんじゃないかと。

仮に２で行くなら、主人公が能力に目覚めていく過程や、異世界の成り立ちの真相をメインのストーリーにして、設定Ａはときどきストーリーを混乱させるドタバタ要素みたいに扱う感じかな？　私ならその方向で考える気がします。

もちろん選択１もよいと思いますが、設定Ｂがスパイスとして扱うには大きすぎるという難点があるかもしれないと思いました。そこをどう工夫するかがポイントかなと。

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女性の姿に転生してしまった主人公という設定を活かすとしたら、彼（彼女？）に恋愛感情をいだく男キャラを登場させるという案も考えられます。
中の人が男性の主人公としては、それ受け入れられます？　ということ。

いっそその役割をナイトに振ってしまう手もあるかも。

主人公とナイトははじめは衝突しますが、ナイトも真面目な性格で悪い奴にはしないなら、だんだん誤解がとけて和解していく流れが予想されます。そして、最終決戦では共闘させれば熱いんじゃないかと。

で。

ある時点からナイトが主人公の中の人が女性だと知らないまま、ヒロインよりも彼（彼女？）を好きになってしまったら面白いかもしれないなんて、妄想してしまいました。

この場合、共闘が王道展開で、ナイトに主人公への恋愛感情を芽生させるのがスパイス的なドタバタ展開として使えそうです。