最近他の方への返信にも似たようなことを書いたのですが、ストーリーのどこを主軸にするかは意識した方がよいと思います。欲張ると話がバラバラになりかねませんから。

ここまでの説明から推測するに、おそらくＡがメインヒロインの位置づけで、主人公とＡが関わる「ストーリーの根本的なテーマ」が物語の本来の軸としてあり、そこにＢが絡んでくるという感じなのかなと思います。

＞ヒロイン二人の関係性はオマケとして位置づけています。

そうであれば、そこに「特殊なストーリー構成」を施してことさら強調してしまうと悪手になる可能性が高いかもしれません。

＞ただオマケとは言っても、AとBが仲悪いながらも関わっていく必要があるため、キャラ同士の関わり合いとしては重要なものとして位置づけられると思います(そこに主人公が深く関われていないのは置いておいて)

それはＡとＢが仲が悪い理由付けとして重要なだけで、Ｂへの感情移入まで意識して強く演出してしまうと、主人公とはあまり関係ない「別の物語」にストーリーが引っ張られすぎてしまうのではないでしょうか？
よって、そういうことなら普通に処理する方が正解のような気がします。

主人公とＡをめぐる「本筋」がどんなものなのか分からないので何とも言えないところもありますが、想像するにＡとＢのややこしい経緯は、主人公とＡのメインストーリーを阻害する波乱要因として扱うのが適当なんじゃないかと。であれば、引っかきまわされて困惑した主人公が状況を打開するためにＢにも深くアプローチしていく。その過程で真相がだんだんわかっていくという流れにする方が無理がないんじゃないかと。