昨日の回答も含め、ありがとうございます

A,Bの過去の問題は、ストーリーの根幹にかかわるほど重要かと言われるとそうでもなくて、あくまでBがAを憎む一要因として取り扱う予定なので、まどマギではありませんが、後半に置いた方が良さげかもしれません。
(まあ誤解を生む要因と言えば、ある程度重要と言えるかもしれませんが)
昨日一度考えてみた結果です。

一応内容まで言及しておくと(昨日ある程度の内容を改変したため詳細には書けませんが)…
Aの弊害を治すものは世界に一つしか無くて、過去にBの親Cが探していたものであるため、その意思を引き継いだBにとっても重要なものと位置付けられ(Bはマザコンと思っていただいて結構です)…。しかしそれはAにとってもBにとっても重要なもので、一つしかないため奪い合いのような感じにする予定です。

しかしそこにA,Bの過去の問題が直接関わってくるかと言えば、そうでもないと思った(あくまでBの行動動機の一つに過ぎない)ので上記のような判断をしてみました。
いかがでしょうか？