そもそも「チクショー」「覚えてろー」「おのれぇ」では、強敵をかっこよく演出しようという工夫を最初から放棄していませんか？
戦いに負けてほうほうの体で逃げだすだけだったら、どんなセリフを言わせてもかっこ悪いのは当然。なので本質はセリフではなくシチュエーションということになりますが、今回のご質問のテーマは「捨て台詞」ですから、セリフのテンプレから考えてみます。

「ふっ、なかなかやるな」

「やっと面白くなってきた」

「貴様……、何者だ？」

「今に見ていろ。～様が復活しさえすれば、おまえたちは皆終わりだ」

まあ、これだけだと陳腐と思われるかもしれませんが、少なくとも「覚えてろー」よりはマシではないでしょうか？

上記のセリフ自体は別によいセリフでも悪いセリフでもなく、重要なのは前提として敵キャラの強さや真の目的がストーリーで表現できているかどうかです。それができていないと、セリフだけかっこよさそうにしても負け惜しみにしか聞こえないので。

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例示したセリフを、キャラ表現という側面から説明してみます。

１）「ふっ、なかなかやるな」「やっと面白くなってきた」

これらは使いようによっては典型的な負け惜しみセリフになってしまいますが、もし真意だとしたら戦うこと自体が好きなキャラなのだと考えられます。単に邪悪なだけではなく、主人公のライバル的な側面も持たせたい場合に効果的だと思います。

こういう敵キャラが強いにもかかわらず退却する理由付けとしては。

ａ）主人公を過小評価していたため準備不足で戦いに挑んできたパターン。主人公が予想外に手ごわいことに気づき、無理押しでも勝てる自信はあるものの、一旦退いて対策を立て直す方が得策と判断した。

ｂ）手応えは感じたがまだ自分の方が強いため、主人公をもう少し泳がせて成長させ、将来の戦いを楽しみたい。

ａは策士型、ｂは決闘ジャンキーみたいな性格のキャラです。そんなやついるかよと思うかもしれませんが、古典的な例として、宮本武蔵に対する佐々木小次郎がそういうキャラでした。また、スポ根マンガのライバルキャラはそういうのが多いです。
スポ根ではなくバトルものの悪役の場合、主人公の攻撃から期待したほどダメージを受けないと逆に苛立ち、「その程度かっ」と唾でもはきそうな軽蔑しきった表情を見せたりします。主人公の攻撃が効くとなぜかうれしそうに「やっと面白くなってきた」なんて言います。

２）「貴様……、何者だ？」

これは主人公側の演出に敵キャラのリアクションを使うパターンです。
このパターンの多くの場合、主人公は一見さほど強そうに見えないのですが、何か奥の手か、覚醒モードみたいなものを秘めているという感じですね。
これも敵キャラの方はクールな策士型が似合い、主人公の想定外の能力に気づき、一旦退きます。そういうときの定番のセリフ。

「なに？」

「貴様……、何者だ？」

３）「今に見ていろ。～様が復活しさえすれば、おまえたちは皆終わりだ」

敵キャラ側に、絶対の自信を持つ奥の手があるが、今はまだ使えないというパターン。
完成すれば星を滅ぼすほどの究極兵器を秘かに開発しているとか、太古の魔王を復活させようとしているなどです。
序盤～中盤の戦いはそれを間に合わせるための繋ぎ。だから、個々の小さな戦闘では負けても余裕があります。

などなど。

重要なのは、セリフの含みとなる敵キャラの背景や真の目的を、しっかり描けているかどうかでしょう。