スレ主様が、現実に苦しんでいる方達の心情に想いをはせていらっしゃることは素晴らしいと思います。
その上で、ご質問のような作品を書いてもよいかどうかということについては、創作を志す人間の立場としてお答えするなら「書いてもよい」ということになります。

これは言ってしまえば、創作の問題ではありません。書き手の人間性の問題です。

＞そうした実際の方々に失礼が無いように

そのような方々に失礼になるのが気になるのなら、失礼にならないように書けばよいだけです。
また、失礼になるのが気にならないのなら、書きようによっては社会を敵に回しかねないことを覚悟のうえで書いてみるのも書き手の自由です。少なくとも当事者でも実際にそのようなハンデキャップを持っているわけでもない他人がとやかくいうことではありません。

＞そうした実際の方々に失礼が無いように作品をボツにするべきか、 それとも、 先天性の心臓病について、 もっと資料を集め、 読んで、 少しでも知識を持った状態で書いた方がいいのでしょうか。

この質問は二択になっていません。
まず書くか書かないかがシンプルな二択で、書くと決めたのならよく調べた方がよいでしょう。それは、どんなモチーフでも同じことです。

ぶっちゃけ「心臓病をもつ薄幸の主人公」なんてマンガなどで使い古された話でもあるので、いい加減に書いてしまった方が問題にならないというのが実態ではあるかもしれません。
しかしスレ主様はそこを真剣に悩む感受性をお持ちの方なので、現実の闘病の実態をよく調べてみたうえで、ご自分が取り組むテーマとしてふさわしいのかどうか改めて考えてみるのもいいかと思います。