私も『いま何時』と『今は何時』の方が読みやすいと思いますよ。しかし、これは理論化できる話ではなく感覚の問題なので、異論のある人もいるでしょうね。
それと表記ゆれはまた別問題。
何が何でも表記は統一しなければならないものなのか、読みやすさを優先してのケースバイケースでもよいのか? そういう問題です。
私の個人的な見解(というか感覚)としては。
1)表記ゆれは内容についての本質的な問題ではない。
2)しかしながら、読みやすさの配慮などとは関係なく無頓着に不統一なのは、少しみっともない。
3)かと言って、読みやすさよりも統一性を優先しすぎるのは杓子定規。
4)以上の考えからそれなりの配慮をしながら多少の調整をするのはありだと思っているが、それを表記ゆれとして批判する人が一定数居るのは現実。
5)4の件については、私の個人的なスタイルとしては無視することにしている。
以上です。