個人的には、『今何時』と『いま何時』だと後者の方が読みやすいと思います。
理由は単純で今は仕事終わりで疲れているから、ひらがなの方が心地いいというだけなので感覚の話ですね。

ただ技術的なことを無視していいという意味ではなく、例えばサスペンス作品で警察に追い詰められた殺人犯が、『今何時だ！？』と言うか『いま何時だ！？』と言うかなら、前者の方が適していると思います。
理由としては、その方が緊張感や緊迫感が出るしジャンルにも合っているから、です。

前後の出来事や作品のテーマに合わせて、優しい印象の出るひらがなを選ぶか、堅い印象の出る漢字を選ぶかを決めるようにしている感じでしょうか。
僕も、ぱっと見のひらがなと漢字の割合やキャラのセリフは気にしてしまうタイプですが、エピソードやジャンルに合っているならあるていど砕けた言葉使いでも伝わるのかな、と思います。