個人的な理解でしかないけど、
小説を書き写す練習は、まず「完成させる」という実感を手になじませるのが目的だと思う。
書き写してるにしろ書きたいテーマに対してそれを書き起こすとどれくらいの規模の作品になるのか、イメージしてるモノの感覚と実際に書き起こしたモノの実感のすり合わせ。
「イメージしてるものを書いたらこんな感じになる」って感覚を得るのが第一ステップ。
だから、「書き写し方」はスレ主さんが挙げられたもののどちらでも良いしどちらでも大して変わらない。普通に書き写すのがいいと思う。
それよりも、一度読んで話の流れを把握して、あらすじないしプロットを書いてから、本編の書き写しをしたらよいのではないかな。

それ以降、例えば憧れの作家の文体を真似たいとかそういう目的で書き写す場合は、言い回しの癖とか文章の運び方とかを真似る＝学ぶってことだから、「やりかた」ではなく「その量」が問題で反復練習だと思う。
書き写しながら、良い表現だと思ったトコはチェックしといて、あとで自作に応用して使ってみるとかしていけばいいと思うよ。
私の場合は、宮部みゆきの作品でよくやってたな。
短編で ドルネシアへようこそ ってのがあるんだけど、その冒頭が確か「都営地下鉄日比谷線の六本木駅は、頭上に広がる街の鬼子である。」から始まる。
あー、いい入りだなと思ってたら巻末の解説でもその箇所が褒められてて、何度か使ったからいまだに覚えてる。
「××王国の凱旋門は奥に広がる城下町の鬼子だ」とか。

文章自体は書いてりゃ上達するもんだから、プロとアマの違いは文章そのものではなくて、その文章で作られる表現力。
だから、えーと、私は別に書き写すことでそれを得たってわけじゃないから適当なこと言っちゃうけど、書き写すときに文章だけを追うんじゃなく、作者は何を表現したくてどうしてこう書いてるのかって全体を考えながら書き写してったほうがいいと思うよ。
例えば上で例にした「鬼子」ってのは、「六本木って街に、この地下鉄の駅は似つかわしくない」ってことで作品全体から意味を持つ言葉になるから、私が真似た「城下町の鬼子だ」なんてのは上っ面を真似ただけのクッソ下手な、模倣じゃなくただの真似っ子です。
文章だけを真似るならそれでいいと思うけど、表現力を学ぶんであればちゃんと意味を考えて書き写しをしないといかんのだろうな、と思う。