こんにちは、カイトと申します。
貴作の物語の展開上「脳内お花畑のポンコツ」キャラが必要なら、当然描くべきだと思います。彼女のことが好きになれなくても、そこはそういうキャラなんだからと作品のために割り切ってしまった方がスムーズに書けるかもしれません。
読者から共感は得られにくいかもしれませんが、個性の強いキャラクターというのはいっそ突き抜けて描いた方が、逆に好感度が上がる気がします。
「ヒロイン」というと、どうしても好感度が高くて主人公に味方するキャラクターを想起しがちなので、「女性の主要登場人物」くらいに考えて執筆すると、少し楽かも。気の持ちようの問題ですが。
貴作にぴったりのジャンル、というのは正直よくわからなくて。申し訳ありません。
応募の前に、過去の受賞作の傾向などから作風に合うかどうかを確認してみるのもいいかもしれません。