正直、その設定で作者が何をしたいのかが、一番最初の相談からいまいち読み取れないです。
その作者がやりたいことを強調して やりたいことが面白くなるように 作っていくのが一番いいと思うから、「これがしたい！」と出来るだけ明確に端的に書いたほうが良いと思う。
だから、
＞ストーリーがある程度進んだら主人公パーティメンバーＶＳ九大帝国の戦争にしたほうが面白いですかね？
「その展開そのものが面白いか」ではなくて、「その展開にすることが面白くなる話」を組んでるならやるべきだと思います。
「面白いというモノ」があるんじゃなくて、「それを面白くする」のが書き手の仕事です。
面白いものを選んでいくんじゃなく、面白くするんです。
そしてその面白さの基準、この作品の何を楽しんだらよいのか、が不明瞭なままなので、「それは面白いね」と答えることが出来ないと思う。

＞これなら古代中世近世の要素が近現代と渡り合えますかね？
提示されたものだけで判断すると、古代兵器ばかりが補正を受けていて不公平感がある。
前述した「これがしたい！」にも関係するけど、例えば「古代から近世までの戦争をごちゃまぜにしたい」というテーマがあるとしたら、まず、古代から近世までをまとめる一つの設定が欲しいと思う。
例えば「魔術が存在してそれが残ってる世界」としたら、「近接兵器を魔術で強化する」というだけで
＞冷兵器は人間がバケモノであるほど威力が上がるので弓矢や投石などで戦闘機撃墜、槍や剣や斧などで戦車を切り裂くぐらいの無茶をして、鎧や軍服や盾がライフル弾を弾き返し、密集隊形の廃止、軍馬やラクダや戦象やチャリオットが機関銃をものともせずに散開隊形で戦車よりも速く突き進むぐらいのバフをかけることにしました。
このあたりの説明は同じことが一言で説明できると思う。それは「強化の魔術がある世界」という設定で ひとまとめ にできるから。
そしてそれは近代兵器も同じことなので、「眼を強化してスコープもない猟銃で敵を倒しまくるシモヘイヘみたいなキャラ」も同じ説明ができる。
あるいは例えば、SFでも同じで、相対的に重火器の重要度が下がるほどのパワードスーツが開発されて近接戦闘が見直されたって設定にすれば、それで同じことができると思う。
また、作者がどのように書きたいかにもよって、軍という団体を書きたいのか、戦争の中で活躍する個を書きたいのかで、個を書きたいのであれば、現代に復活した過去の英雄が超常的な活躍をする作品は山のようにあって、そういった「超人的な個」を書く形にするのがスマートだと思う。
なんにしろ「なにでまとめるか」で、「古代兵器と近代兵器が対等にやりあう納得できる理由」は変わってくる。
そして、その「まとめるもの」は「作者が これをしたい！ と考えるモノを強調できる要素」が最もふさわしいと思う。
なので「これをしたい！」という考えをまとめて端的にするのが先ではないかなと。