こんにちは、カイトと申します。

貴作の趣旨が「近未来バトルもの」とのことですので、その途中で主人公とヒロインがラブラブになるのは特に問題ないのではないでしょうか。
「恋愛」がテーマの作品なら、その成就（＝ラブラブ）がゴールになるので、途中でラブラブしちゃうとあと書くことは？となってしまいますが、貴作では恋愛は「作品を盛り上げる一要素」という位置付けになるのではないかと思います。
途中でラブラブになることで、バトルへのモチベーションが上がったり、逆に守るべきものを得て安定を求めてしまう（バトルに身が入らなくなる）など、恋愛成就したからこその展開もいろいろ工夫できるのではないでしょうか。

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