はじめまして、カイトと申します。

舞台を異世界にするメリットは、作者の好きに世界観を設定できること。
デメリットは、設定説明に終始してしまう可能性があることや、設定いかんによっては今回のように「異世界の必要ある？」と思われてしまうこと。
現代日本を舞台にするメリットは、作者と読者の間に世界観の共通認識があること。
デメリットは、作品と現実にの間に生じる齟齬に読者が違和感を抱いてしまう可能性があること。（たとえば貴作の場合、「怪獣の卵が孵化したら、まずは自衛隊じゃない？」などのツッコミがあるかも）
でしょうか。

現代日本を舞台にしたファンタジーやSFなどの作品は多くありますが、それらは正確には「架空の現代日本」です。パラレルワールドといったらわかりやすいでしょうか。文化や文明レベルは一緒だけれど、少しだけ違う世界。その「少しだけ違う」の部分をどう考えるかが、作品の味にもなると思います。
細かな舞台（地方）を設定することで読者がイメージに引っ張られないか危惧されているようですが、そこはたとえば「長野県」と明記するのではなく、「東北地方のとある場所」とか「N県」とか、いっそ県名は出さずにいきなり架空の市町村名から始まってもいいと思います。首都圏ではない地方の田舎、ということが読者に伝われば、場所の特定は必ずしも必要ないのでは、と感じました。

ただ、「だから現代日本が舞台の方が絶対いい」とは思いません。異世界である必要性はなくても、「書きたいものを描く」というのが作家の強みになるのでは、と考えています。好きなものこそ上手なれ、というやつですね。

とっ散らかった意見ですみません。合わなければスルーしてください。
創作活動応援しています。