細かな点まで気付いていただきありがとうございます。

>「怪獣の卵が孵化したら、まずは自衛隊じゃない？」
本当にここなんですよねぇぇ……自衛隊の皆さんには申し訳ないですが、怪物ものをやろうと思ったら邪魔過ぎて。
異世界にも当然軍があるので(現代文明=国境と法律の概念)、苦肉の策で「20年経過して、軍以外でも対応できるよう民営の特殊チームが作ってあり、主人公がそこに所属している」っていうのでしのごうとしているのです。
怪獣8号の日本防衛隊とか、ブラックブレットの民間警備会社とか、そういう方向で。

私が軍事系に疎いため、異世界にして考証の目をすり抜けよう、という甘い考えもあります。

＞その「少しだけ違う」の部分をどう考えるかが、作品の味にもなると思います。
設定を詰める作業が苦手すぎて嫌々やっていましたが、「作品の味」という表現にハッとしました。
ツッコミされないよう無難な設定にするのではなく、味を楽しんでもらえるような設定にしなければならないですね。
一番大切なことを忘れておりました。今の段階で思い出せてよかったです。ありがとうございます！

＞首都圏ではない地方の田舎、ということが読者に伝われば、場所の特定は必ずしも必要ない
この観点はありませんでした！
たしかに、この書き方ならイメージを変に固定せずに済みそうです。大正解の方法だと思います。
イメージについて一番恐れていたのですが、自信が出てきましたので現代日本(パラレルワールド)を目指して作っていきます！