「現代ファンタジーにした方がよい」は納得できたのですが、現代風異世界がマイナスになる要素にはあまり納得できていなかったので、回答いただけて嬉しいです。

やはり【免罪符】の有無ですよね。

私の小説のテーマは「人間不信の主人公がヒロインと交流して信頼関係を築く」ってだけで、特に日本社会に訴えたいものはないんです。
小道具として銃を使いたいけれど、軍人や自衛隊員を書きたいわけではなく、ただ訓練を受けた一般市民が銃などでドンパチしてほしいだけで……。
銃口を向ける先がほしくて怪物にしただけなのに、怪物が出てくると自衛隊とかでしゃばるし（自衛隊の皆さんすみません）。

煩雑な部分というのも、シンゴジラみたいに官民の協力等を書くんだったらゴリゴリに必要なんですが、小市民のささやかな成長を書くにはデカくて邪魔過ぎるんですよね。
でも書くしかない。がんばって書こうと思います。
ただ、私がアホすぎて煩雑さを書けるかどうか……行政って何やるんだろう……。そこはいろいろ勉強します。