こんばんは
あなたの悩みはすごくよく分かります。
それでも今必要なことは書くことです。

書くといっても簡単なものでいいです。
例えば好きなライトノベルの展開で、もしあのキャラが活躍していたら～といった、自分が読んでいて読みたかった展開などがもしあれば、キャラクターや世界設定を変えて、自分のオリジナル小説として長編を書いてみる。
行き詰まるようだったら好きなライトルノベルの展開や文章やキャラや台詞を、そのまんま参考にすればいいです、誰だって最初はプロの真似から始まります。
ストーリーを考えると好きなライトノベルの展開のままになる。のが悪いことではりません、これができない人も世の中にはいーっぱいいます。

もし今日はプロットが書きたいなと思ったらプロットを書けばいいですし、こんなキャラクターがいたら面白いだろうなとキャラクターの自己紹介を考えて書いてるうちに今日は終わったでもかまいません。他にも、
悩みを箇条書きにしてみます。
　・設定で深堀できない
　・キャラクター同士の上手いやり取りが書けない
　・物語の本筋とは関係ないコメディシーンが書けない
　・長いストーリーをどう膨らませればいいのか
　・どう展開していけば違和感の無い自然な流れになるのか
　・どれだけのキャラクターを登場させればいいのか

誤解のないようにあなたが劣っているとか間違っているとかではないのですが。
まだ短編しか書いたことがないということで。
今の段階で知識を見聞きしたとしても本当に邪魔にしかなりません。
なのでこういう質問の仕方ではなく。

例えば短編を書いたものを載せ、この短編を長編にするにはどうしたらいいですか？　とか、不完全なものでかまいません。
この短編から、・設定を深堀りするにはどうしたらいいですか？　といったような聞き方でなければあなたのためにならないことがよく分かっているので、これらの悩みには答えてもらえないと思います……。

箇条書きにした悩みを1ヶ月かけてひとつずつ考えていくでもいいですね。
例えばそれが、・設定で深堀できない　だったら、あなたは自分がどうして設定を深掘りできないと思うのか、どこが難しいと感じているかを言語化し、周りに説明できるまで意見を整理する、文章にする。
複雑に考えてはいけません。
シンプルに、難題だからこそ分割して、シンプルに考える癖をつけてください。そうやって脳に汗をかきましょう。
自分はどこで躓いているかが分かればアドバイスしてもらいやすくなります。

プロ小説を参考に長編書いてみるとか、プロット作る、キャラ作る、設定作る、人の小説を読んで考えるとか、自分はどこで躓いているのか自分の言葉で説明するなど。

何から手を付けたほうがいいのかわからないのは、それはそう、今体験している苦労や喜びが物書きの仕事です。でもやれることはいっぱいあります。
気持ちはよーく分かります。
すごく難しいし大変なのもよく分かります。
それでも確かなことは何が正解かは後回しできるところからやってみる、『がむしゃらに書いて』、前に前に進んでみてください。
応援しています、何かの参考になれば幸いです。