有名どころを参考にするのは良いと思う。
でも一歩突っ込んでみると、それらには割と「モチーフ」があることに気が付くと思う。
例に出された参考の敵幹部の名前で「十二鬼月　モチーフ」とか「元ネタ」とかでググればすぐ出てくる。
それで、自分の作品テーマの組織に合う「モチーフ」を考えて、そこから決めていくってのが王道の考え方だと思う。
よく使われるのは「七つの大罪」とか数が決まってるものですね。

これというのは、要するに「モチーフ」があればキャラを作りやすいからってのがあります。
「七つの大罪」なら暴食・色欲・強欲・憤怒・怠惰・傲慢・嫉妬なので、「暴食」なら何でも食べちゃう巨漢とか、逆に食べてもすぐ消化しちゃうから常に空腹のガリガリ男とか。「色欲」ならサキュバスみたいな妖艶な女性とか、あるいはパワー系のオカマとか。
特色を見つけやすいので、キャラを立てやすい。
「強欲」であれば、「強欲」がテーマのキャラ作りになるから、そう考えると
＞容姿、性格、癖、口癖、趣味、こだわり、戦闘スタイル、能力、流儀、挟持、信念、目的、モットー、ポリシー、台詞、役割、死に方（退場の仕方）……
このあたりも想定しやすいでしょ？
強欲だから見栄っ張りな容姿かな。性格はもちろん欲深で、欲しいと思ったものに対して執拗になるのが癖で。とかそんな感じ。
戦闘スタイルも「強欲」だから深追いしがちで罠にはまりやすいけど、それを力技で突破する。強欲ゆえに捨てられないことが唯一の弱点。みたいな。

ちなみに、七つの大罪は正確には「七つの死に至る大罪」といって、ちょっと意味合いが違うけど、ブリーチの「エスパーダ」も「死の形」をモチーフにしてる。この場合は「死の形」と曖昧で数に限りがないから好きに決められるが、自由度があるということは同時に作者判断が必要になるってことだから、その判断が出来ない場合は適当に「数が決まってるモチーフ」を探したほうがいい。
更にちなみに、鬼滅の刃の「十二鬼月」も「疾病」をモチーフにしてると聞いた。
ブリーチのエスパーダは「悪霊の超強いやつ」みたいなモンだから「死」に関係するモチーフなわけで、
鬼滅の刃の十二鬼月は、「鬼というのは一種の病気のようなもの」って側面があるから「疾病」に関するモチーフなんだろうと思う。
そうやって、自分の作品の敵組織に合う「モチーフ」を見つけるのが一番やりやすいと思う。

私が過去やったことあるモチーフは「恐怖症」。単純に「〇〇フォビア」って単語の響きで採用して使ったけど、前述したように「数に限りがない」タイプのモチーフなので、正直ちょっとやりにくくて失敗したと思った。