初めまして、マリン・Oと申します。
私も素人なのでどれほどあなたの力になれるかは分かりませんが、興味深い設定の話だったので書き込ませてもらいます。
まず先に答えやすい質問から答えます。

＞＞作風が珍しい為参考になるキャラクターが見つからない

むしろ珍しいからこそ成功させる大チャンスなのではないですか？
あなたが珍しいと感じたこの設定は、（もし先に見つけている人がいるなら申し訳ないけど）誰も気がつかなかった鉱脈です。もし成功すればあなたは新ジャンルの開拓者になれるかもしれません。
いっそのこと無理に参考とするキャラクターを探さず、完全自作してみてはどうでしょうか？
……というのは、少し乱暴すぎるかもしれませんが。
どうしても参考資料が欲しいというのなら、男の娘に限らず不幸な生い立ちのキャラクターにいっぱい触れてみるといいと思います。

＞＞この男の娘キャラクターが女の子として暮らしたくなるほどの理不尽な抑圧をどう表現するかで行き詰まっている。

個人的には「男子として強くあることを周囲から強要される」というのが良いと思います。
周りからいじめられても両親が「男なら殴り返せ」とかいう無茶を言う（無論男の娘にはそんなことをできる勇気などない）とかいった具合です。
（ちょっと例がスタンダードすぎる気もしますが）

＞＞男装女子の立ち位置について

これに関しては……男装女子のキャラを最後まで崩さないことを前提にすると少し難しいですね。
男の娘との邂逅がきっかけで、男装女子も女の子らしさを取り戻していく……なんていう展開がアリなのなら男装女子が優しく献身的な愛情を注ぐという展開も描きやすいのですが。
ナシなら私は「男の娘が再びいじめのターゲットにされたところを助ける」という王道展開以外対処法が思いつかないです。

＞＞主役について

対象とする読者層にもよりますが、個人的には男の娘を主人公にした方がいいと思います。
このストーリーなら間違いなく男の娘の成長物語になりますし、心理描写の書きやすさなども加味したら少なくとも私は男の娘を主人公にして書きますね。
これに関してはあなたがどちらの成長にフォーカスしたいかによると思います。

＞＞シリアスにどっぷりと浸かった重い作品にするか、その中で希望を見つけようとする明るい作品のどちらにするか？

これは完全に私の主観ですが、このシナリオでバッドエンド路線に行くのは悪手だと思います。
少なくともプロットを見た範囲では、私は男の娘に幸せになってほしいと思います。
個人的には前者を選ぶ場合でも最終的にはハッピーエンドにしてほしいです。

長ったらしく書きましたが、あくまで私個人の意見なので参考にならなかったものは遠慮なく切り捨ててください。
それでは。