指定がないなら基本自由で問題ない。
ガガガはワード形式を受け付けてるから、公式から書式をDLってそこに作品書いてルビも普通にワードの機能を使えばいい。
テキストで送る場合は、そもそもテキスト形式のファイルにはルビの書式を保存する機能がないので（）や〈〉でルビを書くことになる。というかワードの機能でテキストに変換したら自動でルビは〈〉になると思う。
つまり、MFでルビの指定に（）や〈〉があるのは、そういうことです。テキストで送る人向けの補足ってこと。
ワードOKならワードの機能を使えばいいし、普通にワードの形式でいいと思う。ガガガ公式からDLった書式を勝手に自己判断で変えたりしなければ。

＞あとその()や<>を使った場合は？や!同様1マス開けたほうがいいのでしょうか？
そんなわけで、ルビを（）で書いたところで、作法的なことは特に気にしなくていい。
一応。
！や？の後にスぺース開けるのは、これはもともと日本語の記号ではないからってのがあります。ようはこれらは「ピリオド」の親戚ですから。
今回の話題でルビはそういう作法ではなく単にデザインの話ですから、スペースを空ける必要はありません。

もし間違ってたとしてもそれは審査に関わるほどの致命的なミスではないので、作品の内容以外のところであんま神経使わず気楽に。