こんばんは、のんです。いきなり否定的な意見で申し訳ないのですが『女性不信の男の子』が女の子になる。つまり女性社会に飛び込む、という点が不思議でなりません。この設定なら逆に女性への対抗意識から男らしくなると思いますよ。

　１。読むせん様の『男の子＝雑に扱っていい女の子』に触発されての意見になりますが。上記の理由でぞんざいに扱われ、本当の女の子になればこんな扱いは受けないと女装男子になる。なんてどうでしょう。

　２。主人公と対比されるキャラといえばライバルやラスボスです。男装女子がラスボスでは胸糞悪くなりそうですので、どちらかでしたらライバルでしょうか。となると女装男子が不利すぎますので男装女子にも弱点がほしいところですね。
　何らかのトラウマで女の子の格好ができずに男装しており、周りには男の子に近い扱いを受けているけれど本当は普通に女の子扱いされたい。だとか。
　兎に角二人を同じ土俵に乗せないことには、頻繁に絡ませられませんよ。例外として師弟関係もアリですが。その場合は恋愛的に二人をくっつけ難くなりますので、恋愛方面が大変になりますね。

　３。どちらでも良いと思います。ただ、うじうじしたキャラと頻繁に絡むよりはそっちを主人公にした方が良いかと。

　４。女装／男装に至った経緯が反発か逃避かによりますね。
　　　重い作品にするなら後者です。現状が嫌で逃げ出して、その先でも上手くいかずに鬱憤を募らせていくことでしょう。終盤で爆発しそうです。
　前者の場合はそもそもの動機が前向き（？）ですので、明るい作品になります。ある意味望んで女装／男装してますから、何かしらの楽しみを見つけるでしょう。後は家族を出したくない際も明るい作品の方が良いと思います。シリアスなら回避できません。