ニュアンスが分からん。

＞敵キャラの絵が魅力的に描かれていて、かつ、そうした敵キャラが酷い目に遭ったり、酷い目に遭うことが予想できたりするようなゲームの物語の方が、そうでないゲームの物語よりもよく覚えているような気がします。

具体的に何よ？
嫌な野郎がフルボッコとか、敵側にも何か事情があって悲劇を免れ得ない、とかの差が出るわよ。それ。
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まあたぶん「物語が見えるか否か」やとは思うわ。
物語が見える方が覚えておき易いさかね。