回答失礼いたします。
　当方自身も悪役主役のものを企画中であり、その活動をいかに隠蔽するか考えてきました。そこで、若干の認識違いは承知の上で、「ヒーローと悪役の戦いをどう世間の目から隠すか」について当方の考えを記述します。
　ありがちなものですが以下の三つの案があります。むしろそれだけしか思いつきませんでした。
１）常人が感知できないところ（異空間など）で戦闘が行われる
　例としてはウルトラマンネクサスのメタフィールドや、仮面ライダードライブのどんよりが挙げられます。
　ただいささか安易すぎる気がしますし、一般人が偶然戦いに巻き込まれる、という展開ができません。何よりもおそらく質問者様が求めている回答ではなさそうだと感じます。
２）組織力で情報操作などを行いもみ消す
　例としてはこれまたウルトラマンネクサス、また戦姫絶勝シンフォギアシリーズが挙げられます。やり方としては該当する情報を消していく、わざと偽情報を流して戦いのこともうさん臭く思わせる、目撃者の記憶を消したり秘密保持の誓約書を書かせて口を封じる、などいろいろあります。特にネクサスには宇宙人が残した大規模な記憶消去装置が登場するため、質問を読んだとき真っ先にこの手法が思い浮かびました。
　問題点は、たいてい政府がバックについている大規模な組織が行う手法のため、これも質問者様の求めている回答ではなさそうということです。ただザ・コアという映画では、秘密計画に関する情報をネットから消していく仕組みをハッカーが一人で作り上げていたため、自警団規模でも宇宙人が残した管理AIがあればやれそうかとは思います。
３）目撃者皆殺し
　例は無数にありますが、変わったところだと、小説版仮面ライダーZXで暗黒結社バダンが２）の方法と組み合わせる（あちこちのお偉いさんが構成員にされており、情報が来てもそこで握りつぶされる+情報に触れたものは残らず消される）ことで組織の存在を外部から隠しとおしていました。
　問題点は何よりも悪役しかできない方法であることです。

　なお質問者様が挙げた３つの点について、各個参考（？）にできそうな事例を知っているので紹介いたします。
>>世界規模でかつ両陣営に数百人近い人数がいて～
　萬画版仮面ライダーおよびスカイライダー原案では、仮面ライダーの存在は都市伝説として世間に知られているものの、日本政府がショッカーと同等かそれ以上のあくどいことを計画ししかもそれをショッカーに乗っ取られたため、行政はその存在を明らかにすることができない、という状況が推測できます。
>>ネームドの構成員にも所謂youtuberみたいなのがいる
　Rの付く小説なのですが、自分の正体を明らかにしたヒーローがマスコミや周囲の人間によってプライバシーを根こそぎ公開されてしまい、その結果世間から姿を消す羽目になったことが数件あったため誰も正体を明らかにしなくなった、というものがあります
>>敵側のモデルがQアノンでネットを介して広まった所が無視し難い
　[ネットを介して広まった]という点のとらえ方が違うのかと思いますが、ブラックジェネラルさんという漫画で、見たら洗脳される映像をネットで広めようと敵側が企画したことがありました。この場合、広まった映像を見てしまえば世間にいる一般人から敵側の構成員になってしまうため、世間側への情報漏洩はなくなってしまいます。

　何らかの一助になれば幸いです。