まず、名前ってのはぶっちゃけ何でもいいです。
「佐藤太郎」って名前の主人公がいるとして、すごいパッとしない適当な名前だけど、こいつが主人公としてカッコいい活躍をすればその名前が「カッコいい印象」になる。
「名前の印象」が先にあるわけじゃなくて、それは物語の中で作者が作っていくものです。
ただ、キャラ立ての一環として名前いじりを使う場合（カッコいい名前なのにダサい風体で名前負けのキャラとか、その逆とか）は、当然のこと名前の印象は大事だと思う。
けど、ネーミングにそれ以上の事はないかなと思うので、基本的には何でもいいです。
それは 読みにくさ とか 覚えにくさ ってのも含まれてて、こみこみで何でもいいです。

というのも「読みにくさ」ですが、読みにくい名前の場合、読者は別に正しく読もうと頑張ったりしないためです。
適当に読みやすく読んでるので、名称で引っかかるってことは、まああるにはあると思うけど、そんな重大な事ではないです。
多少引っかかるものがあるくらい尖ってる部分があっても、それはデメリットにもなるしメリットにもなると思うよ。
和名の場合なんかがわかりやすいと思うけど、例えば「東江（あがりえ）」って苗字のキャラがいるとする。最初はルビが振ってあるけど何て読むのか忘れて「東江」が読めなくなった。でも物語を読み進めていって、名前が出るたびに「なんて読むんだっけな」とか思いつつ最後まで読み終えちゃったりする。
名称は「記号」なので、区別がつけば読めなくても問題ないんですよ。
中華ファンタジーとか常用外漢字を使うからカンでも読めない名前多くて、こんなんしょちゅう。
だから、西洋名の場合、区別のため最初の一字は被らないようにするとかってちょっとした工夫で問題ないと思う。

そんで「覚えにくさ」ですが、そもそも読者は「名前」で覚えたりしない。
エピソードでキャラを覚える。
例えば、漫画ナルトの一巻で「主人公を騙して禁呪の巻物を盗ませたアカデミーの先生を覚えてる？」って聞かれたら、ナルト読んだことあれば「あーあの人か」くらいの感覚でわかるでしょ？
でも、「ミズキってアカデミーの先生覚えてる？」って聞かれたらわからないでしょ。
読者は名前で憶えてない。「ナルトを騙した人物」ってエピソードで覚えてる。
だから仮に「名前を覚えてもらえない」って事が起こった場合はエピソードが弱いだけでネーミングの問題じゃない。

ついでに、認知されてる名称を使った場合、元ネタや同じ名前を使ってる既存の別作品のイメージが付いて回るので、そのイメージを利用したい場合には有効だけど関係ないオリジナル設定であるなら前述した「名前負け」的現象が起こる可能性はあると思う。
極端だけど「ゼウス」なのに嵐の夜に雷にビビるシーンとか書いたら、別物とわかっていても なんでそのシーン書いた と思っちゃうかな。
繰り返し、既存のイメージを利用したい場合には有効。

まとめると、キャラクターの名前はただの記号なので、読みにくいどころか極論読めなくても区別がつけば問題ない。
読者は名前でキャラを覚えるんじゃなくエピソードでキャラを覚えるので、キャラを覚えてもらえない場合はネーミングの問題じゃなくエピソードの問題。
逆に、覚えにくいキャラ名は一度覚えると忘れにくいので、エピソードでキャラを覚えてもらって名前も覚えてもらえれば、なかなか忘れにくい個性的な名称と思われたりする。
ハンターハンターのネフェルピトーとかシャウアプフとか、覚えたらなかなか忘れないっしょ。でもキメラアントの王直属の中でも残り一人はエピソードが弱いし、ようやく活躍したのが話の終盤だから名前も覚えてない。

最後に今さらだけど、
＞ゼウス・・・ゼウセス
＞ヘリオス・・・ナヘリオス
＞ウラ二ア・・・ウラチア
これくらいなら全然読みにくくないので問題ないと思う。