サタンさんのほうが詳しく書いてるけど、「世界観やストーリーの言い訳に神とか、主人公より上位の存在をでっちあげる」とむしろズルズルと言い訳せざるを得なくなっていってしまうからね……
言い訳のためにどんどん余計な設定を付加していってドツボに嵌まった人を知っている。

いや、オミクロンさんの神の設定はこれはこれでいいと思うんですけど、こういう神だときめたら、その神の都合に合わせて世界の細部を変えていったほうがいいですよ。人（やそれに近い精神体）の都合は「世界に影響を与える力が強い順」に決めていく。一般的なファンタジーだと「神＞為政者＞庶民」的な感じに。（←超大雑把ですいません）

……いやあのですね、主人公や決めてある冒頭シーンから決めるのが悪いってことじゃないんですよ。まず最初のイメージは主人公の行動から、でいいと思うんですけど。ある程度決まったところで「主人公より世界に影響力の強い誰か」の都合的におかしいところがないか、を世界だったり組織だったりの上から順繰りにチェックする。組織のトップの意向は大事です。

もちろん、「ここまでしか干渉できない」「見落としや抜け落ちがある」とかいうのは全然構わないんですよ。でも、明らかに「この人の思考から言ってこれを見逃すはずはない」ようなものを作ってしまわないように気をつけないと、最後のほうでその人と対峙して「○○は私のこういう意図だったのだー」的な真相を明かす、という名の言い訳をしても、かえって「そんなこと考える奴がいるか」「筋が通らない」話になってしまったりします。作者的に主人公やストーリーのほうが大事であっても、そっちの都合を通しすぎない。それこそ「ご都合主義」になってしまうからです。

それでもって最終的にはやはり「気にし過ぎない」のも大事です。