>暗黙の了解に対し、メスを入れたかったとでも言えばいいのでしょうか。

大丈夫。他にももうメスを入れてる人いっぱいいるから。
オミクロンさん自身が「シムシティ」を例に挙げていたり、進撃の巨人も某ゲームにインスパイアされたと作者自身が先に暴露しているように、そもそも「ゲーム的世界」「箱庭世界」は「創造主の意向」が大事なので、普通に制作者は創造主の意向をしっかり決めているもんです。大事なのは「技術」よりもむしろ「人の意志」のほう。

藤崎竜版の封神演義なんかも、宝貝が露骨にオーバーテクノロジーの形状だったのと作者がSF好きのため、むしろラスボスがアレでなければ納得いかないレベルでしたからな。

ちなみに、フリーゲームRPGの「セカイ系」ジャンルは特にそんな感じで、もうラスボスが神とか創造主なのはお約束で、その神の気持ちがしっかり表現されているかどうかのほうが大事だったりする。
「ネフェシエル」なんか、ラスボスが神なのを予測して対神属性の装備で固めようと思っていたら「人」属性だったからな……（その世界の数いる神属性の存在よりさらに上位の存在、ってことで人だった）

どっちかっていうと、時々手に入る歴史の書物やら創造主の日記やらで「なるほど、こういう順番でアレが作られていったわけか」とか「うん……倒さなきゃいけない奴だけど、気持ちは少しわからなくもない」とか「そりゃアンタの都合的にはそうだろうけど、付き合わされてるこっちからすればたまったもんじゃないわｗｗ」とかいう詳細がじわじわと面白いやつが人気があったりして。

なので、神の設定を作るのは別に構わないけれど、それだけではオリジナリティとかは出ません。
どっちかっていうと人それぞれの気持ちを大事に。サタンさんが言うように、設定でストーリーを動かそうとしてもうまくいきません。ストーリーを動かすのは人の意志なんですよ。