返信有り難うございます

＞作者がどうしたいのか何が作りたいのかを書いて、それに合うかどうかの意見を求めたほうが良いと思う。
書きたいのは
・ロボット(最重要)
・冒険もの
・おねショタ
・ホーリーというキャラ
の４つです。

＞そうすると物語の構造上主人公は「ホーリー」なんだけど、物語の視点は「ステラ」になってる。
構想としてはステラが主人公で、ホーリーは謎のヒロイン的役割のつもりだったんです。
男女逆にしたらよくあるじゃないですか、主人公はどこにでもいる普通の少年で、謎多きヒロインが物語のキーパーソンで、って奴。
で、書きたいのはステラよりもホーリーというキャラなのでそこでこんがらがった感じですね。
ステラのコンセプトは「女主人公」で、ホーリーのコンセプトは「終盤に仲間になるけど限定版特典とか難易度の高いフラグ立てとかをすると序盤から仲間になってくれるキャラ」です。ホーリーの方が具体的なコンセプトが決まっているのでキャラが立ってる。
余計にこんがらがるのが、ステラが主人公なのに篝火が主役機な事。
ステラの機体は「量産機」「序盤の主人公機」「後で乗り換える(この話以降もつづく長期連載として構想している)」なので篝火に比して必要以上に弱いんですよね。
初心者のステラがそんなに強くない機体に乗ってたらそりゃ弱い。
なのでヒロインが能力的にダメでもいい案２、３を考えました。

クルセイダーに関しては「ハンターになる前にステラが炊き出しでホーリーに食べ物を与えて時間をかけて親密になる(上記で言った難易度の高いフラグ立ての再現)」が先にあって、なぜステラは炊き出しをしているのか→そう言えば教会とクルセイダーっていう設定を考えてたな、それを使うか→クルセイダーになると自由な冒険ができなくなるから落とさせるか。そうしたらなんかステラに可哀想な感じも出てきたぞ、って感じで入れました。結局その後クルセイダーは目指さないし邪魔になるなら却下してもいいかな、とも思います。

＞この物語の盛り上がりポイントは「篝火を取り戻す」とこと「ボスとの再戦」の二つ
＞個人的には篝火を取り戻すタイミングが早いと思う。
そもそもが序盤に篝火を失っている事自体が「超強いはずのホーリーが何故か困っている」「ステラにナロードラゴンを倒させて最序盤に活躍させる」「ホーリーをついて行かせて仲間にする」を解決する為です。最初から篝火持ってるとこんな強い機体持ってるんならそれに乗って連れて行ってあげればいいじゃん、になるので。
なのでステラが機体を手に入れたら篝火をさっさと取り戻して相棒にしたいなあと思ってこうしました。
あと、案２、３のアホなステラにホーリーが着いていく強い理由付けが欲しかったので、「ステラがホーリーに諦めていた篝火を与えて感謝される」形にしたかったんです。
ラスボスは「〆に大物モンスターをやっつけさせよう」と考えて、「ぽっと出のボスモンスターがラスボスっていうのも締まらないな。そういや冒頭にホーリーがモンスターと戦ってたな、こいつを再利用しよう」くらいで、見どころに見える２つはどっちも「せっかくだからドラマチックにしとくか」って味付けをしたのでホーリーの主人公感が強く出てしまっているのかな、と思います。

案３の思いつかない部分は、繋ぎって言うよりはむしろここがメインですね。
ここで色んな人と出会って、呆れられるからこそ、最後に今まで出会ってきた皆が助けに来るのが尊い。
ただ、私は困らせた人が困ってたら良くて放って置く、ひどいときには死体蹴りをする、って世界で生きてきたので具体的な話というか「そういう空気」が思いつかないんです。

サタンさんの意見を見ると、全体的に適当に考えた部分でやはり違和感を与えてしまっているご様子。
特にラスボスは変えても問題ないので考え直しても良いかもしれません。