＞ラスボスは「〆に大物モンスターをやっつけさせよう」と考えて、
なるほど。
創作のテクニックの一つに、枠物語ってのがある。これは冒頭と終盤に関係あるエピソードを入れておくと間にある無関係な話が全て繋がって見えるというもので、千夜一夜物語が例としてあげられる。
千夜一夜物語は、アラビアンナイトとかアラジンとかまったく違う話がたくさん出てくるけど、冒頭にシェヘラザードが身を守るために暴君に面白い話を聞かせるってエピソードがあって、最終的に１０００夜目に王の悪習を止めさせるって〆られているので（まあ原作は千話もないけど）、間にあるシェヘラザードも王もまったく関係ないアラビアンナイトやアラジンのエピソードが「シェヘラザードが語ってる夜話の内容」と思えるので、全体が上手くまとまる。
スレ主さんの場合、面白くさせようと考えてたら偶然この形になったってだけで、そもそも「ボスと引き分ける代わりに機体を失って困ってる」「ステラの協力で機体を取り戻す」「ボスを倒して終わり」って物語の全体像自体が意図して構成したものではなく、ステラが主役ではなく語り部になっちゃってるのも落ちモノ系ボーイミーツガールの逆を想定してたら自然とそうなった、って感じか。

偶然の産物で言えばこれもかな。
＞見どころに見える２つはどっちも「せっかくだからドラマチックにしとくか」って味付けをしたのでホーリーの主人公感が強く出てしまっているのかな、と思います。
見どころというのは、感覚的に「ここだ」と言ってるのではなく、構造的に基本的に「物語が大きく動く場所」を指します。
つまり、スレ主さんの作品においては「篝火の回収」と「ボスの再戦」で話が大きく動くので、そこが見どころに なっちゃってる ってことです。
それが作者の意図ではなく不味いと思うのであれば、構成で失敗があると思う。
ただ、個人的にはそれで全体は綺麗にまとまっているので作者の意図を無視すれば構成に問題はないと思う。

まあ、物語についての助言を求めてるわけではなく３つの案に対する言葉を求めているのだろうからほどほどにしておきますが、
この物語はどう解釈しても要点を抜き出せば（物語が動く場面を抜き出すと）、
「ボスと引き分ける代わりに機体を失って困ってる」「ステラの協力で機体を取り戻す」「ボスを倒して終わり」
こういう話なので、その中心にいる人物はホーリーであり、主役はホーリーになってしまいます。これも感覚ではなく構造の話ね。
主役をステラにしたい場合は、ボスを倒すことでステラ側にも何らかのカタルシスないし達成感を用意する必要があって、ボスを倒すことはホーリーだけの問題ではなくステラの問題でもあると物語の主導権をステラ側に持ってくるよう展開を考えるべきかなと思います。
ベタなとこで言えばステラには何らかの理由があってボスを倒すことを目標にしててその執念たるやホーリーも驚くほど、みたいな感じ。
これはあくまで例であって提案なんかじゃないけど、こうするとホーリーの物語とステラの物語が同じ目標になって交わるので、ホーリーが戦ってるシーンから始まるホーリーの物語がステラが出てくることで二人の物語になる。
例えば、ステラの父はかつてボスに挑んで敗れていてボスの身体には今も父の剣が刺さっている。剣のおかげで動きが鈍ったボスだったからホーリーも序盤に脱出する機会を得ていた。終盤ではステラが父の剣を利用してボスに勝利し剣を取り戻すことができた。みたいな。繰り返し、これはあくまで例ね。最終的にステラが得るモノを物質的に用意しておけば達成感は得られやすいっていう例。こうしろって話じゃない。

あるいは、異能バトルとか巻き込まれ系ボーイミーツガールが流行ってた頃によく聞いた悩みで「主人公が空気になっちゃう」ってのがあって、これは能力を持ってるヒロインを主体に物語を考えてるので目的はヒロイン側にあるしヒロインの設定ばかり濃くなるしで主人公はそれを見てるだけで物語に入れない問題で、まあ、考えて見りゃ主人公の話として考えてないからヒロイン側に比重が傾くのは当然だよねって問題がありました。
ヒロインの話に無理に主人公を絡めようとすると主人公がウザくなるんよね。足引っ張ってるだけになったりとか。
スレ主さんのレスを読んで、その感じを少し思い出した。
この場合、主人公が活躍しようと（作者が主人公を活躍させようと、キャラを出そうと）足掻くためにそれがウザくなるので、一歩引いて、ヒロインの問題解決の手段を持ってるのは主人公だけ、という展開を作ってしまうのが一番楽に解決できる。
スレ主さんの作品においては、篝火を回収したあと割とすぐに篝火に乗って活躍するけど、「篝火はもともと性能が凄いから活躍は出来るものの実際は暴走を止められただけでまだ本調子じゃなく、修復が必要」として、「その修復にはステラの協力が不可欠」って形にしちゃえばいい。案３の５以降が具体的に考えられないがそこがメインだと答えられてるので、「篝火を修復するための素材集め」という目標などを設定して、「篝火は動けるし戦えるが、強力なメイン武器は使えない。それが直りきらない状態でボスとの再戦、ステラの協力と（先述した父の剣みたいな）奥の手でボスを倒した」って感じにすりゃ盛り上がるんじゃないかな。
篝火を回収したあとは ボスとの再戦までに篝火をメインウエポン使えるくらいに修復する って目標が出来て、どうすれば修復できるかのステップを考えりゃ５以降の流れは具体性が見えてくると思う。
篝火を回収してからボスが攻めてくるまでの間は、案１の場合はステラ側に物語があってその道を進めたけど、案２・３はボスが攻めてこないと話が無い（メインに関わる話が全部止まってる）状態なので、メインストーリーを進行させるような目標を（篝火の修復など）設定してやりゃ、「そういう空気」が思いつかなくてもスレ主さんなら話の流れは作れるんじゃないかなと思った。
メインに沿った流れが作れたら、スレ主さんが「そういう空気」と感じる既存作を参考にして、自作にアレンジして真似てみればだんだんと「わからないときはこうすりゃいい」ってのがわかってくると思う。