肉親なんか主人公の私的な都合で処罰を軽くしかねないので、その
「主人公の属する組織」
の別の人間が殺しに来ますよ。
そもそもそういう組織、しかも架空の組織は、だいたいの場合肉親であろうとなんだろうと、ただ都合がちょっと悪くなったというだけの理由で皆殺しにしますから、他の方がおっしゃっているように、理由はいりません。
しかし、殺すのであれば、組織が厳しいということを強調し、組織の掟だから主人公はイヤイヤ殺します。あるいは活かそうとしてなにかして、結局生きるのか殺されるのか、その辺は話の流れ次第ですね。