３）ある種のストーリー上のお約束として、そのキャラが後に仲間に加わりそうなフラグが立ってしまっている。
これについての補足です。

どういうフラグが立っているかは想像するしかありませんが、ちょっと思ったこととしては。
悪の組織の幹部。緑黒色のツインテールで金色の瞳、軍服っぽい服装をまとった少女。こう並べるとやはり美少女とイメージされやすい感じがするんですね。
で、美少女であるなら、敵組織にそういうキャラがいるという設定を有効利用してほしくはなります。そうしないと浮いた感じに悪目立ちしてしまい、一種の伏線と見做されてしまいかねません。意図しないで伏線っぽくなってしまった設定も、回収しないと中途半端な印象につながってマズイのです。
有効利用の方法としては、

A）主人公にデレる。（ハーレム型）

B）デレはしないが、主人公にハニー・トラップを仕掛ける。（ヒロインとの三角関係を演出）

C）主人公にはデレないが、組織の中にデレる相手がいる。

などのテンプレ・パターンが思い浮かびます。
この中で彼女が主人公側に寝返りそうな流れはもちろんＡでしょうが、Ｂもそれをきっかけに主人公への本当の想いが生じてしまうという展開がわりと有りがちかなと。仮にストーリーのどこかに予期せずそういうフラグが立ってしまっているのなら、例えばＣのような要素を追加することによって方向を変えてやるといいのではないかと思います。