敵組織の研究施設のイメージに迷いがあると。
敵の大本は宇宙生物でその細胞入りのコンピュータを売りさばいて大きなことを起こそうとしてる組織で、その研究施設は昆虫園のような感じ。
ただ、機械と生物が融合したような敵に対して、その研究施設で生物の内部的な描写は安直で芸がないんじゃないか？　という不安があるって解釈でいいのかな。

ここで考えるのはアイディアの核になるワードで、御作の場合は「宇宙生命」みたいな感じだろう。
その本丸の描写なので、つまりこれは「宇宙生命」の描写でもある。その宇宙生命がどういうものなのかを描写できる場所なわけだね。
だから、「昆虫園」ってのは良いアイディアだと思う。生物的には虫のようなもの、って感じが表現できると思う。
じゃあ、その他には？　宇宙生物の設定は何かある？　その描写表現をすればいいんじゃないっていう話かなと。
例えば人間のような感情を持ち合わせていない生物なのであれば、「異常なほど清潔な空間」とか。映画バイオハザードが「異常なほど清潔な空間」と「汚物のような細胞の塊」を上手くスイッチしてたよね。
昆虫園で楽しそうに元気に働く研究員と、植物のその陰に動かなくなった人間が虫の苗床になっている、とか。まあこの辺りは作品の読者層によって描写は変わるだろうけども。
まあつまり、敵の本丸のイメージであれば、敵の設定を箇条書きにしてみて、それを表現できるものを配置すればいい、という回答だね。
だから、敵がコンピュータを乗っ取ってロボットのように動き攻撃してくるのであれば「生物のように動くケーブル」は安直かもしれんけど良いと思うよ。その場合似たような設定で言うとトランスフォーマーとか参考があるから、意識しながら参考にしてみればいいと思う。
「この設定ならこういうのがありそう」というフレーバー的な思考ではなく、「敵のこの設定を表現したオブジェクト」って考えると、なにより自分が納得しやすい。