返答ありがとうございます。
この掲示板でSFについて書き込んで、皆さんの返答を読ませていただくたびに、考えなしに設定を詰めてしまったと思って恥ずかしくなります。
返答を拝見した時点では緊張状態で、布団にくるまってジタバタしたい気分でした。

【”人間の制御を外れ、人間と敵対するAI”を自作に出すことについて】
そういうキャラクターが出てくる、近年の子供向け作品『ネクスト ロボ』『ミッチェル家とマシンの反乱』『シンカリオン チェンジ ザ ワールド』を視聴したため、自作に出すことに違和感はありませんでした。

自作の内容のほうは、実際の小説内容では軽く触れるだけの予定ですが、
「製造者を殺して宇宙に出たコンピューター。アクシデントで製造者が想定した本来の仕様を外れて、『オニナラタケ並みの規模の菌糸を持った冬虫夏草』のような性質を持った無機物。人を使い捨てにしてでも生き残ることに執着する者」にする予定です。

【メタバースを出しているのにラスボスが機械としての実体を持つ存在なのは？】
　・「もしも『流星のロックマン』の対象年齢を上げたら？」と想像した結果、
「元の作品では体が電波で構成された宇宙人が出てくるが、そういう宇宙人を情報生命体だと考えるとハードウェアが存在するんじゃないか？」と考えた結果です。

　・ラスボスの目的が主人公を人外に改造することなので、最初から機械生命体として全力で主人公を襲ったら、まだ戦いに慣れていない主人公を殺してしまうという予想ができていた。
だから仮想空間で、主人公が覚醒したら倒せる程度の刺客を送り込んだ。

　　・ラスボスが毎回刺客を送り込んでくるのは、（全体で4体の予定。洗脳した主人公の父を含む）
ゲームソフト『ロックマンエグゼ』『流星のロックマン』で1章ごとに基本1体のボスを倒す構成を真似たものです。

【ラスボスが繫殖行動およびサイバーテロに主人公を巻き込んだことについて】
・お恥ずかしい限りですが、単に「主人公が機械的な異形になりかける」という内容をやりたかっただけです。
（pixivで主人公が異形にされる内容の短編小説を複数読んだが、異形の肉や体液が飛び散るのが好みに合わなかったため）