小説は基本的に文章での表現なので、キャラの髪型や色、目の形や色は、まったく魅力の要素には入らないと思います。
文章で見た目の表現は難しいからですね。

例えば、中盤まではモブキャラかってくらいに目立たなかったキャラだけど、中盤でスポットが当たっていきなり魅力的に見えるようになったキャラとか、漫画やアニメでもいいんで、そういうキャラに覚えはないかな？
これは、そのキャラにスポットを当ててキャラクターの良さを書いたから魅力的に見えるようになったわけで、魅力とはキャラクター自体に付属してるアクセサリではないと思うかな。
作者がキャラクターの魅力を引き出したから魅力的に見えるというだけ。
つまり、作者はキャラクターの魅力を引き出す努力をしなきゃならない。
そのための手段の一つとして着飾る、ようはアクセサリを付けるという事はあるけど、それが魅力の本質ではない。
自己犠牲が特徴のキャラであれば、自己犠牲が魅力的ないし印象的になるシーンを作らなきゃいけない。
魅力があっても、それを書けなきゃ意味がないからね。無いも同然。
だから、「思想・動機」「作中での立場と言動」は、私も魅力を出すツールだと思うけど、それがあるだけではダメだし、それを説明するだけでもダメ。
でもスレ主さんは「個々の思想や考え方がぶつかり合う」という描写を書いているとしているので、それは思想がぶつかり合うことでキャラクターのキャラクター性を描写していると思う。
問題はそれが魅力的なシーン設計か、というところで魅力度は変わってくると思うかな。

例えば、お笑い芸人でいじられキャラの芸人は、単体でも面白いけど「上手くいじってくれる人」がいるとずっと面白くなる。
キャラを出すには、「出させてくれる人（環境）」が不可欠で、私は要素として挙げるならこれが一番かな。
例えば自己犠牲のキャラを印象付けたい場合、犠牲になるような問題を起こすキャラや環境が必要だし、印象を決めるため二人の関係性も大事になる。
だから「魅力を出したいキャラ」も大事だけど、それを出しやすくする環境のほうがもっと大事。

私のキャラの魅力の考え方は一言で言えば「打てば響く」って感じ。打たなきゃ響かないし、打つ人の能力が大事。
キャラ二人いるとして、それが相互関係になっている状態が理想。
少年漫画とかだとメインキャラは３人で相互関係になってるのが多いんじゃないかな。
NARUTOとかだと、序盤ではナルトが無鉄砲に行動するからサスケのクールな強さが引き立つし、そんな強いサスケが敵にやられるからキレたナルトの爆発力が際立つ。そんな二人ですら苦戦する修行だからこそサクラのチャクラコントロールが上手いって描写が成立する。
一人で修業してて「チャクラコントロールって難しい！」なんて書いたところでその難しさは読者に伝わらない。
こういう相互関係ないし「打てば響く」の打ってくれる人や環境を用意してやることが、大事かな。