シンカリオンは飛ばし飛ばしで見ているけど
貴方の疑問の設定の違和感は設定を強調する展開セリフの反芻の多さにより説得力の違いですよ
例えばドラえもんは散々無茶苦茶な力を持つ秘密道具を出してきたから視聴者読者はドラえもんの世界なら何でもありという認識になっています
だから大抵の設定でも納得できる
映画は半分見て間違えて消して最期までみていませんがドラえもんと違う知名度のないアニメの映画版であの設定とはいえ音楽だけで過去に惑星1つを滅ぼした怪物というとんでもない敵を追い払える展開なんて違和感しかありません
そしてシンカリオンはデータが現実の敵になるという設定だけで視聴者をそれが納得できるドラえもんの秘密道具やそれを起こせると視聴者に思わせる存在に値する存在が登場せず
その状態でキャラの人間関係や葛藤いざこざを描いているから見ている人の中に納得できない人が出てくる
要は設定の説得力を強調するシーンセリフ存在の反芻による設定の説得力の違いですよ
それを抑えてしまえば大抵の無茶苦茶な設定視聴者読者に納得させるなんてことも理論的は可能ですがね
これは割愛