結論から言えば、どこまでもソックリだろうと問題ありません。
しかしこれはあくまで「設定は」の話です。
「その設定でどんな話を作るのか」という部分では、例え設定が１８０度違っていても「パクリ」と言われてしまいます。

例えば、
「過去の英霊を召喚して、その頂点である全能の存在になる戦いに身を投じる話」
という物語と、
「過去の英霊を召喚して、願いを叶える全能のアイテムをめぐる戦いに身を投じる話」
という物語があるとすると、
これは「設定」では非常に似てると言わざるを得ませんよね。
さて、前者は漫画「シャーマンキング」の要約で、後者はゲーム「Fate/stay night」の要約です。
今の若い人はシャーマンキングを知らないかもしれないけど、一時期ジャンプの看板を背負ってただろう作品です。
この両者を立て続けに見たとして、しかし両者を「似てる、パクリだ」という人は少ないでしょう。

一方で、
「未来から来たロボットが不思議な道具を出して主人公を助ける話」
という物語と、
「主人公が過去の文献から不思議な道具を作り出し、問題を起こす話」
という物語では、
あくまで「設定」というレベルの話では１８０度違うものです。
さて。前者は「主人公を助ける話」かどうかは疑問だけど、ご存知「ドラえもん」の要約です。
後者は、これも最近の若い人は知らないかもしれないけど、「キテレツ大百科」というアニメの要約です。
設定レベルではまったく違う両作品ですが、見てみりゃわかりますが、非常によく似ています。
キテレツ大百科は、ぶっちゃけ道具を出さないドラえもんがお調子者になってのび太が不思議道具を作れるくらいに天才になっただけ、というレベルでほぼやってる事は同じ。
でも、「設定」ではまったく違うし、それどころか真逆だと言えるほどぜんぜん違うものです。
まあ、作者が同じ藤子F不二雄なので似てるのはしょうがないんですが。
しかし、では「なぜ似てるのか？」と考えてみましょう。

これは端的に、「やってることが同じ」だから似てるんです。
結局のとこ「不思議道具を出す過程」が違うだけで、「不思議道具を中心にコレにまつわるトラブルを描く」という作品の本質が同じものだから似てるように思えるわけです。
「過程」や「前提」における「設定が似ている」なんてのは、物語を語る上でこれっぽっちも問題にはなりません。
一方で「やってる内容が似てる」というのは、例え設定がまったく違ったとしても、「似てる」と言われてしまいます。
故に、初心者に多いのは「似てるから設定を変えよう」と必死に既存作と違う設定を作ろうとする事ですが、これは結局「やりたいことが既存作と同じ」なので、いくら設定をいじってもどっか似てるように思えるし、読者にもすぐ指摘されてしまったりします。

「ドラえもん」や「キテレツ大百科」の「不思議道具を中心にコレにまつわるトラブルを書く」というテーマは、実は両作品だけでなく非常に広くよく使われています。
例えば「ToLOVEる」なんかの日常系（エブリデイ・マジック）ボーイミーツガールなどはほとんどコレですね。
道具が「宇宙技術」か「魔法道具」か「未来技術」か「古代の神秘道具」かと、まあアレコレ「設定」が違うだけで結局やってることは同じです。
それで言えば「ToLOVEる」と「ドラえもん」は似てるハズなんですが、この両作品を並べて「パクリだ」という人はいません。
言うまでもないだろうけど、これは「ドラえもん」には無い「ラブコメ」という要素を追加して新しくしたのが「ToLOVEる」なので、ここで大きな差別化がされているため「同じ」には見えない違う作品に仕上がっています。

では、「エブリデイ・マジック」と「ラブコメ」を含む作品はどれも同じか？　と言うと、これも違います。
例えば「ToLOVEる」「うる星やつら」「ああ女神さま」と、完結済みで古いのばっかで申し訳ないんですが、これらはラブコメとしての主旨が違うので「似て」はいるけど「別物」という認識をされるでしょう。
「ToLOVEる」はラッキースケベな主人公があちこちで問題を起こしてしまう話で、そのキーに不思議道具が関わってくる内容です。
「うる星やつら」はヒロインが主人公に振り向いてもらうため（つなぎとめるため）にあれこれ問題を起こす内容。
「ああ女神さま」は基本は日常系の延長で、そこに不思議道具を混ぜてる作品。

で。
こうした内容の「主旨」になるものですが、これが似てると既存作と大きく似てしまうことになる。
そして、自身の作品を見て「こういう主旨の話」と自身で明確にできない場合、設定や物語から「似てる作品を探してしまう」という事があります。
赤山さんが「月姫」や「Dies」や「科学ADVシリーズ」を挙げたようにね。
不死や即死能力が出てくる物語はけっこうありますけど、なんで月姫をピンポイントで挙げたんでしょうか？
ちなみに「ブギーポップは笑わない」という作品では何作目かに「相手を必ず倒せる線のようなものが見える素人剣術家」というキャラが出てきます（月姫より前の作品だと思う）。
最近では「MIBURO」というアダルトゲームで主人公が「相手を殺せる点のようなものが見える」という設定でした。
作者本人が「似てるものを探してしまう」ために、「作者の中で似てるということになる」だけでしょう。

自身で「こういう主旨の物語」と明確にできていれば、そもそも既存作と同じ設定だろうと「似てる」とは思いません。
よって、「設定」それ自体はどこまでも被ってても問題ありません。
物語と設定は別です。