複雑な人間関係と思惑が重なった結果、大半のキャラクターにとって望ましくない結果になる小説ですが、
『天冥の標6　宿怨PART1〜PART3』だと思います。
（この作品はエログロ描写が多いのでご注意ください。4巻は特にキツい性的表現だらけなので、そういう表現が苦手な方はおすすめできません）

2015年のパンデミック（命が助かっても一生ウイルスが体に残る）の結果、人類が太陽系に進出した時代が舞台です。

ネタバレになりますが、勢力として、おおまかに
・銀河にまたがって存在する情報生命体A
・銀河にまたがって存在する情報生命体B（パンデミックの元凶）
・太陽系に定住している地球人のみなさん（感染者ではない）
・地球人の感染者団体（劣悪な環境で暮らさざるを得ない）
・集合意識を持つ異星人（集合意識を持った状態では、地球人を超える高い科学技術を持つ）
が存在しています。

前提として、パンデミックの元凶の情報生命体も、地球人が犠牲者を出しながらもパンデミックを抑え込むことに成功したため、「ウイルスで弱い生物を淘汰して自分たちの生態系に組みこむ」という目的を達成できていません。

感染者団体は、大きな会議の場で非感染者との交渉に失敗します。
その後、異星人が密かに感染者団体に接触します。
誤解の末に、感染者団体は異星人のテクノロジーを得て人外になります。
感染者団体のタカ派は、非感染者に、かつてパンデミックを起こしたウイルスを使って、大規模なバイオテロ（人類滅亡寸前レベル）を起こします。
感染者団体の中にも、テロに反対する人々がいて、異星人はわずかな感染症治療薬を完成させましたが、結局バイオテロは止められませんでした。

次の巻は、わずかに生き残った非感染者たちによる壮絶なサバイバルについての話で、これが1巻の内容に続きます。