時系列を無視して後ろの方から書いていいか、ですね。
基本的に、無意味に順番を逆に書いていくのはよくないです。
ただし、1冊分の分量に全てのストーリーが入らない場合、オチから書くことも考えられます。というより、オチは一番大事なので、後から書いてオチが不完全で面白くないものになるリスクを考えたら、はじめに書くことも考えられます。
そもそも、オチの部分が面白くて、その前はつまらないということは多いので、そのオチの前の部分だけで応募しても審査を通らないことがあります。
なので、まずオチの部分を抜き出して一つの長編に仕上げ、それを応募し、前の部分はその長編を補完するように書く、というのが一番王道です。