>ですが、作者である藤子・F・不二雄氏は「ドラえもんが主人公で、のび太は副主人公」と言っておられたそうで。

それは知りませんでした。作者の真意は推測するしかありませんが、漫画の場合、最もキャラが立っている存在が主人公というところもありますからね。オバＱと正太、怪物くんとヒロシなら、オバＱと怪物くんが主人公という感じがします。ドラえもんとのび太はそれらと立ち位置が似ているので、ドラえもんが主人公という感覚もわかる気はします。
ただ、正太・ヒロシよりのび太はかなり個性的だし、ドラえもんはストーリー上ではのび太の相談役に徹しています。
そんなところから生じる見解の相違ではないでしょうか？