どっちでもいいですね。
二人共大事なキャラであることは間違いないですし、ダブルヒーローじゃないですか？

もちろんドラえもんのタイトルが「のび太」に変わることは絶対にありません。
なぜなら、「のび太」は平凡な男の子だからです。むしろ、できは悪いですから。
ただ、主人公に必要な真っ直ぐな心を持っていますから、絶対に主人公になれないかと言われると分かりません。
ドラえもんの持っているひみつ道具は、絶対に替えが利かない重要な要素なので、そういう意味ではタイトルの通り、ドラえもんは間違いなく主役です。
しかし、のび太がいないとしたら、ドラえもんは相手にするワトソン役のキャラがいないわけで、ドラえもんがその辺を歩いていたら、変なロボットが歩いているぞ、と言って警察に捕まりますし、ドラえもんを解体しようとする科学者に捕まるかもしれません。
のび太は、現実と超現実（ドラえもん本人）の間の緩衝役、クッション役で、のび太がいることで物語が成り立っている意味もあります。
もし有能な人間が未来からこっそり技術を盗んだら、あっという間にタイムパトロールに捕まります。現実には、普通の人間はこうなりますね。
繰り返し申し上げますが、のび太はその辺にいるただの男の子です。しかし、ドラえもんと、のび太が組み合わさっていることに意味があるのです。ドラえもんというギミックを用意したら、それに対してクッション役ののび太を用意することは、必然なのです。従って、両方主役であると言えるでしょう。そして、より重要なギミックなのは、メインのギミックであるドラえもんであり、そのせいで
「ドラえもん」
というタイトルが付けられているのだと思います。だから、ドラえもんを変えずに、もっと有能な人物をのび太の代わりに配置しても、それは同じドラえもんですが、ドラえもんがいない世界でのび太がいじめられるだけの話なら、それはドラえもんとは異なる話で、タイトルを変えれば済む問題ではありません。