ドラコンと申します。ご質問の件につき、私見を申し上げます。

　ひらびさんの世界観はわかりませんが、ご質問から中世ヨーロッパ風と拝察して、その前提でお答えします。

　>ファンタジー、異世界を舞台にした作品において、日本人ぽい名前は世界観をこわしかねませんか？

　>たとえば主人公は外国人らしいジェームズって名前で登場人物の一人は太郎って名前だったりすると変でしょうか？

　名前の「日本人ぽっさ」を薄めるのであれば、「太郎」は「タロー」「タロウ」と【カタカナ】で表記するのが、一案です（地名も同じです）。『ドラクエ』のキャラ名を付ける時にも、「弥生」を「ヤヨイ」とカタカナ表記にすると、世界観に合います。

　>ジェームズは西の大国、太郎は東の小国、出身というような設定だと違和感は少ないですかね？

「西の大国」を「想定イギリス」、「東の小国」を「想定日本」にされるのも、もちろんアリです。