思いついた後の整理、というのだと私はスマートフォンのメモアプリにネタを書き込んで、作品内での時系列など読まれる順番かもしくは内容的に近い順で挿入して並べて時々見直したり、新しく考え付いたセリフや展開を書き足したりしています。ストーリーにまとめるならネタを書き残して、見返して、前後の展開も考えてみるのが大事かと。
あとは本でもテレビ番組でも映画でも何か面白そうなものを色々インプットしていけばそのうちに「こんなことがしたい」とか「こうだったらいいのに」が浮かんできてストーリーを作るヒントになるかもしれません。