ドラコンさんの言う「カタカナ表記にすりゃいい案」が、おそらく最も汎用的かなと思います。
例えば日本は漢字の文化圏にはありますが、中国語を理解しているわけではないので基本的に中国人や韓国人の名前はカタカナ表記ですよね。これと同じです。
異世界の人間ないし漢字を理解していない文化圏の世界観が背景にあるのなら、カタカナで表記したほうが良いし、カタカナにするだけで自然になるでしょう。

しかし、これはあくまで「汎用的」な解決策なので、状況によっては適切とは言えなくもなります。
＞主人公は外国人らしいジェームズって名前で登場人物の一人は太郎って名前だったりすると
状況、すなわち、この二人が「コンビ」を組んでる場合。
「コンビ」を表現するのに最も良しとされるコンビは「凸凹コンビ」でしょう。
要するに、キャラAとキャラBというコンビの間には大きな落差があったほうが良い。
冷静沈着な優等生と、猪突猛進な体力馬鹿、みたいな。
役割がハッキリ分かれていたほうが読みやすいし、落差があれば衝突を書きやすいですから。
すると、あくまで「落差の一つ」というだけですが、「西洋名」と「和名」のコンビというのは落差があって良いと思います。
「なんか違和感がある」というその「不自然さ」が凸凹な魅力に繋がるわけですね。

ただ、「太郎」と書くと、これは「漢字の発音を正確に口にしてる」ように思える。
故に前述した「漢字の文化圏にない背景」の場合は「タロー」とカタカナにしたほうが「慣れない言葉を口にしてる」という感が出るので適切とも言える。
このことから、「セリフではカタカナで」「地の文では漢字で」と区別して書いてる作品もあります。

＞ジェームズは西の大国、太郎は東の小国、出身というような設定だと違和感は少ないですかね？
これは和名を持ってる「太郎」個人の問題じゃなく、その名前を口に出す「太郎以外の人物」の問題なので、キャラ設定は関係ないです。
例えば。
最近アニメをやってるオーバーロードでは「ガゼフ・ストロノーフ」というキャラが「六光連斬」という技を使用します。
この「六光連斬」というのは東の小国で覚えた技なんですかね？　設定ではオリジナル技ってあるけど、なんで技だけ和名なん？
と、いうことになりませんかね。
おそらくRPGのテイルズシリーズから「剣の技が和名」なことに違和感を持つ人が少なくなったように思うけど、もともと「名前」なんてのは何でもいいので、設定は関係ないです。
納得できる説明があれば良いし、説明がなくとも納得できる解釈ができれば良いだけなので。
技名の場合は「日本語で言うとこんな字面の技名になる」だけだし、「太郎」の場合は「親が東の小国生まれ」とかでも問題ないでしょう。
「先祖が異世界人」とかでもいいし、「よくわからないけど代々長男は「太郎」の名を継いでる」とかでもいいし。
どうにでもなります。
逆に、「設定だけ」で違和感や不自然さを消せるわけではありません。