物語の作り方は十人十色で、人それぞれ違うものです。
なので講座を読んだり教えを請うたりしても、なかなか自身で納得できず、言われた通りにやっても上手くいかない、という事が多いかと思われます。
その上で話をするので、疑問があれば答えようと思いますが、合う合わないの判断はご自身でしたほうが良いでしょう。
まあつまり、これから言うことが正解とは限らんよ。という前置きです。

まず、物語が作れる人と作れない人の差は「こういう話を考えてる」と軽く話を聞いただけで明確にわかります。
作れる人は「主人公がヒロインと恋をする話を考えてるんだけど」という感じの事を言ってくる。
作れない人は「こういうジャンルで、こういう設定で、キャラはこうなんだけど」という感じの事を言ってくる。
いきなり何言ってんだと思うかもしれませんが、これが核心です。
この両者がどう違うのかと言うと、
作れる人は「これは恋をする話だ」と主旨が明確なんですね。
だから、「どういう恋をするか？」とだけ考えればいい。趣味をぶっこむか読者層に合わせるかの選択肢はあるけど、方向性を決めりゃすぐ話ができる。
一方、作れない人は、「雰囲気も設定もキャラも決めた」と言うものの、主旨が無いので何の話なのかさっぱりわからない。
だから、イメージは固まってるし雰囲気も掴めてるし、書きたいワンシーンも思いつくけど、肝心の大筋たる「お話」が作れない。
もともと主旨がないので、作れるわけないってことですね。

いやいや。言いそびれただけで、設定の中に「主人公はヒロインを好きになる」って書いてるし、そもそもジャンルにラブコメって書いてるだろ？　と、思ったかどうかはわかりませんが、「それを要約できてない時点で、自身が主旨を把握できてない」って事なんです。

ちょいと上から目線な嫌らしい言い方をしてしまいましたが、「こういう話」とシンプルに答えられない場合は、まずこれを答えられるようにしましょう。
これが第一歩です。
例えば「主人公がヒロインと恋する話」だとしたら、次はどういう設定なのか？　となる。
「設定」と聞くとアレコレ詳細に答えたがる人が多いというか、おそらく舞台設定とかキャラ設定とか細かいものを指して設定と考えているんだろう、と思う。
それも設定ですが、ここで言う「どういう設定なのか？」は、主旨である「主人公がヒロインと恋する話」に対してなので、考えるのは「どういう主人公か？」「どういうヒロインか？」「どんな恋をするのか？」ということだけ。
だから、この時点で「どういう設定？」と聞かれたら「不器用だけど青春したいと思う主人公が、自由奔放に振る舞うヒロインに惹かれる。次第に主人公はヒロインに感化されて青春らしい青春を体験してゆく」とか、こんな感じになる。
繰り返すようだけど、主旨が定まってないとここで設定を答えることができませんよね？
だから雰囲気とか舞台とかキャラとか、パーツごと別々に考えてしまって、それがまとまらないわけです。
別にキャラや舞台から考えても良いのですが、漠然と「まとまらない」と言ったところで、それは「主旨でまとめる」んだから、主旨が決まってなけりゃどのみちまとまりません。
キャラや舞台から考える場合は、考えながらイメージを練ることで主旨を決定していかなきゃ。

こういう大雑把な設定を考えたら、あとは物語のテンプレを持ってきます。
基本ルールに当てはめて面白くなるよう整えて、物語の雛形、簡易的なプロットの出来上がりです。