>どうしても会話させたいキャラ
>そのキャラをどうにか好転させる為
>あえて『敵』である筈の相手からの言葉や行動が効くのではないか

うん、私が言いたいのは、それらがユズキさんにとってどんなに大事だと思えても、物語の本筋であるはずの「敵との対立構造」「主人公の最終目的」を見失ってはいけないよ、ということです。

>その対話は話さない敵キャラでも、極端に言えばエヴァンゲリオンの「使徒」のようなキャラクターでも出来ます。

この言葉がどこまで信用できるのかいまひとつ、疑ってしまいたくなるのですが、このシーンにとって重要ではないとしても、敵キャラが会話不能なのか否かというのは本筋にとっては大問題です。
例にあげた「シルフドラグーンゼロ」のように、味方側が入手できる情報に大きな差が出る、主人公達の行動基盤が物語開始時点から、根底から揺らぐ設定です。

なので、どちらでもいいのでしたら尚のこと、ストーリーの本筋にとって重要なほうを選びましょう。
主人公の成長のために敵との対話を利用しないでください。敵に対処するために、敵に対する理解を深めるために主人公は敵と接触し、そして成長するんですよ。

エヴァのような「セカイ系」ジャンルであれば主人公の精神の成長とストーリーの終焉は直結しますが、そうでない場合は、ちゃんとしっかり敵という自分ではない別の存在に向き合ってください。